岁月无声，院史留痕。

医院现分为国本路院区、高笋塘院区和正在建设的高峰院区。

国本路院区史

国本路院区于1951年11月由“天主教私立世光医院”改建而成，始建名称为“万县市人民医院”。

1976年10月，万县市人民医院重新筹建，地处万县市玉和巷，1977年12月万县市人民医院正式成立并开诊。

1979年8月，在万里城墙路1号(原郊区公社和平1队)修建住院部和辅助检查大楼，并于1981年12月建成投入使用。

1993年5月，根据万县地区建制调整，更名为“万县市第三人民医院”，并将万县市卫生进修学校并入医院。

1996年9月，医院在国本路27号新建门诊大楼，医院门诊楼从玉和巷搬迁至国本路27号，使国本路门诊楼与万里城墙住院楼整体相连，形成院落式格局。

1998年6月，万县市第五人民医院并入万县市第三人民医院，设立万县市第三人民医院龙宝分院。同年，根据重庆成立直辖市后地区行政域名的变更，医院随之更名为“万州区第三人民医院”。

2001年12月，医院在万里城墙22号新建住院大楼。2002年12月，医院被评为国家二级甲等综合医院。

2003年3月，医院由“重庆市万州区第三人民医院”更名为“重庆市万州区人民医院”。2003年11月和2004年9月，万州区太白岩街道卫生院和红光街道卫生院（移民全迁单位）并入我院。

2016年4月，通过国家二级甲等医院复评，2016年6月，医院晋级为国家三级综合医院。

2020年7月医院成建制上划市级管理，为市卫生健康委所属事业单位，增加履行重庆三峡医药高等专科学校附属医院职能，医院更名为“重庆三峡医药高等专科学校附属人民医院”。

高笋塘院区史

1979年经原万县地区行署批准成立万县卫生学校教学实习医院，位于四川省万县市高笋塘关门石38号。

1996年被评为“二级乙等”医院。

1997年重庆市直辖后，医院更名为“重庆市万州卫生学校附属医院”。

1991年2月在原四川省万县中医学校门诊部基础上与原四川省万县地区川东康复医院合并组建而成四川省万县中医学校附属医院，万县中医药学校教学实习医院，位于万州区胜利路53号。

1997年重庆市直辖后更名为“重庆市万县中医学校附属医院”。

1999年3月更名为“重庆市万县中医药学校附属医院”。

2000年9月，因三峡移民搬迁，医院迁至万州区白岩路398号。

2006年8月经重庆市卫生局（渝卫医〔2006〕81号）批准，在原万州卫校附属医院和原万县中医药学校附属医院基础上合并组建而成重庆三峡医药高等专科学校附属医院，总院设在原万州卫生学校附属医院所在关门石38号。

两院合二为一

2021年7月，三峡库区优质医疗资源扩容，建设三峡医专医疗集团，在学校党委主导下，启动了重庆三峡医药高等专科学校附属医院和重庆三峡医药高等专科学校附属人民医院的整合工作，打造一所集医疗、预防、康复、教学和科研一体的三甲综合教学医院。